贵州省药材资源丰富，而生化药学专业人才紧缺，特别是一线应用型人才缺乏。在此背景下，学院党委经充分调查考证，决定将药学相关专业从护理系分出，单独组建药学系，2006年7月药学系正式组建，从护理系、原生物工程系抽调教师15名组成最初的教师队伍，2013年系改院更名药学院。目前开设有药学、药品生产技术、中药学、药品经营与管理、药品质量与安全共五个高职专业，其中药物生产技术为国家骨干和省级重点专业。2016年在校生规模超过2100人，全院专兼职教师76人，其中教授4人，副教授28人，博士6人。

建有兽药研究所和制药实训中心各一个。下设制药生产性实训基地一个，有药物制剂实训室、分析检测实训室等近20个实训分室，生产实训设备价值近2000万元。同时在周边地区和东部沿海建有多个较稳定的校外实训基地，能满足学生实践教学和顶岗实习的需要。

药学院其前身走过了近二十年的“产学研”结合发展之路，在制药方面积累了丰富的经验和技术，先后承担多项国家、省地生物制药领域课题，产品剂型有水针剂、粉针剂、片剂、散剂、溶液剂等多种，在省内外享有一定的影响和知名度。

2007年，制药生产性实训基地被评为“中央财政支持的职业教育生物制药实训基地”和“湘鄂渝川黔五省边区职教集团指定的生物制药实训示范基地”，并获中央财政专项建设经费150万元；同年被贵州省教育厅批准为“贵州省中等职业技术学校生物制药骨干教师培训基地”；2009年、2010年铜仁职业技术学院先后成为贵州省示范院校和国家骨干院校建设单位，我院药物制剂技术专业为其中的重点建设专业。为打造精品专业、精品基地和精品教学团队奠定了坚实的基础，形成了“产-学-研”结合的办学模式。